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目次

タンパク質の構造と機構

タンパク質の構造と機構 (バイオサイエンス・シリーズ)

  • Alan Fersht(著)/ 桑島 邦博(訳)/ 有坂 文雄(訳)/ 熊谷 泉(訳)/ 倉光 成紀(訳)
  • 第1章 蛋白質の三次元構造
    • A.蛋白質の一次構造
    • B.三次元構造の決定法
    • C.蛋白質の三次元構造
    • D.蛋白質の多様性
    • E.より高い水準の組織化:多酵素複合体
    • F.酵素-基質複合体の構造
    • G.蛋白質の柔軟性とコンフォメーション運動性
  • 第2章 化学触媒
    • A.遷移状態理論
    • B.触媒の原理
    • C.共有結合触媒
    • D.構造-活性相関
    • E.微視的可逆性すなわち詳細釣り合いの原理
    • F.速度論的等価性の原理
    • G.速度論的同位体効果
    • H.酵素触媒の古典的因子のまとめ
  • 第3章 酵素反応速度論の基本式
    • A.定常状態の速度論
    • B.Michaelis‐Mentenパラメータの重要性
    • C.データのグラフ表示
    • D.阻害
    • E.非生産的結合
    • F.kcat/KM=k2/Ks
    • G.拮抗基質
    • H.可逆性:Haldaneの式
    • I.Michaelis‐Mentenの式が適用できない揚合
    • J.多基質系
    • K.速度式の簡便化
    • L.熱力学サイクル
  • 第4章 各速度定数の測定と大きさ
    • パート1 A.迅速混合とサンプリング技術
    • パート1 B.閃光分解(flash photolysis)
    • パート1 C.緩和法(relaxation methods)
    • パート1 D.前定常状態と緩和速度過程の解析
    • パート1 E.酵素の絶対濃度
    • パート2 A.速度定数の上限
    • パート2 B.酵素の速度定数と律速過程
  • 第5章 酵素触媒のpH依存性
    • A.単純な酸と塩基のイオン化:その基本式
    • B.酵素の解離基のイオン化が速度過程に及ぼす影響
    • C.単純な理論の修正と破綻
    • D.表面電荷が酵素の基のpKaに与える影響
    • E.データのグラフ表示
    • F.説明に役立つ実例と実験的証拠
    • G.酵素の解離基の直接滴定
    • H.酵素内の基や溶液中の基に及ぼす温度,溶媒の極性,イオン強度の影響
    • I.酵素中でのpKaの大きな摂動
  • 第6章 反応速度論と平衡論に関する実用的方法
    • A.分光法と反応速度法
    • B.反応速度データのプロット
    • C.蛋白質-リガンド複合体の解離定数の決定
    • D.結合データのプロット
    • E.コンピュータを用いたデータのフィッティング
    • F.統計,観測誤差と精度
  • 第7章 酵素反応における中間体の検出
    • A.前定常状態速度論と定常状態速度論の違い
    • B.キモトリプシン:ストップトフロー分光法,定常状態の反応速度論および生成物の分配による中間体の検出
    • C.分配実験と速度論的実験による中間体検出の例
    • D.アミノアシル‐tRNA合成酵素:停止フロー法,定常状態の速度論解析,同位体交換を用いた中間体の検出
    • E.コンフォメーション変化の検出
    • F.今後の展望
  • 第8章 酵素反応の立体化学
    • A.光学活性とキラリティー
    • B.立体特異的酵素反応の例
    • C.キラル中心のコンフィグレーションの保持や反転に基づく中間体の検出
    • D.キラルなメチル基
    • E.キラルなリン酸
    • F.酵素反応の立体電子的制御
  • 第9章 活性部位結合型および酵素によって活性化される不可逆的阻害剤:「アフィニティーラベル」および「自殺阻害剤」
    • A.蛋白質の化学修飾
    • B.活性部位特異的不可逆阻害剤
    • C.酵素によって活性化される不可逆的阻害剤
    • D.遅くて,強い結合による阻害
  • 第10章 コンフォメーション変化,アロステリック制御,モーター,仕事
    • A.正の協同性
    • B.アロステリック相互作用と協同性の機構
    • C.負の協同性と半活性部位(half‐of‐the‐sites)反応性
    • D.協同性の定量的解析
    • E.ヘモグロビンへの協同的な結合の分子機構
    • F.代謝経路の制御
    • G.ホスホフルクトキナーゼとアロステリックフィードバックによる制御
    • H.グリコーゲンホスホリラーゼとリン酸化による制御
    • I.G蛋白質:分子スイッチ
    • J.モーター蛋白質
    • K.回転触媒によるATP合成:ATP合成とF1‐ATPase
  • 第11章 分子間力と結合エネルギー
    • A.非結合原子間の相互作用
    • B.蛋白質とリガンドの結合のエネルギー
    • C.エネルギー増分の実験による測定
    • D.エントロピーと結合
    • E.エンタルピー-エントロピー相殺
    • F.まとめ
  • 第12章 酵素-基質の相補性と触媒における結合エネルギーの利用
    • A.触媒における酵素-基質結合エネルギーの利用
    • B.触媒反応における結合エネルギーの利用と酵素-基質遷移状態相補性の実験的根拠
    • C.最大反応速度の進化:遷移状態の強い結合及び基質の弱い結合
    • D.結合エネルギー利用の分子機構
    • E.中間体の集積に関する速度最適化の効果と,酵素における内在的な平衡
  • 第13章 特異性と修正機構
    • A.特異性の限界
    • B.修正または校正機構
    • C.正確さの代価
  • 第14章 組換えDNA技術
    • A.DNAの構造と特性
    • B.大量生産のための酵素遺伝子のクローニング
    • C.合理的設計のための部位特異的突然変異導入
    • D.無作為変異導入とレパートリーの選択
  • 第15章 蛋白質工学
    • パート1 A.機構論的な目的
    • パート1 B.チロシル‐tRNAシンテターゼ
    • パート1 C 体系的な部位特異的変異導入研究の必要性
    • パート1 D.変異の選択
    • パート1 E.戦略:自由エネルギープロフィールと差エネルギー図
    • パート1 F.チロシン活性化における差エネルギー図からの結果
    • パート1 G.差エネルギーからの見かけ上の結合エネルギーと増加結合エネルギーとの関係
    • パート1 H.進化の調査:“逆遺伝学”
    • パート1 I.結合エネルギーにおける直線自由エネルギー関係
    • パート1 J.変異誘発による酵素の全体の構造と対称性の探索
    • パート1 K.Tyr‐AMPの加水分解に対する自由エネルギーの測定
    • パート2 A.ズブチリシン
    • パート2 B.触媒トライアドとオキシアニオン結合部位の精密解析
    • パート2 C.特異性の再設計
    • パート2 D.安定性と他の特性の設計
  • 第16章 酵素の構造と反応機構の事例研究
    • A.脱水素酵素
    • B.プロテアーゼ
    • C.リボヌクレアーゼ
    • D.リゾチーム
    • E.いくつかの一般論
  • 第17章 蛋白質の安定性
    • A.蛋白質の変性
    • B.変性状態の構造
    • C.安定性変化の測定
    • D.構造形成のエネルギー特性
    • E.安定性-活性の折り合い
    • F.一次構造からの三次元構造の予測
  • 第18章 蛋白質フォールディングの速度論
    • A.フォールディングの速度論
    • B.二状態速度過程
    • C.多状態速度過程
    • D.蛋白質フォールディングにおける遷移状態
    • E.Φ値解析入門
    • F.1H/2H交換法
    • G.ペプチドのフォールディング
  • 第19章 フォールディング経路とエネルギー地形
    • A.レービンタール(Levinthal)のパラドックス
    • B.CI2のフォールディング
    • C.核形成凝結機構(nucleation‐condensation mechanism)
    • D.バルナーゼのフォールディング
    • E.マイクロ秒分解能におけるバルスターのフォールディング経路
    • F.統一的フォールディング・スキーム?
    • G.理論からの洞察
    • H.フォールディング速度の最適化
    • I.分子シャペロン
  • 索引