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目次

分子進化と分子系統学

分子進化と分子系統学

  • 根井 正利(共著/監訳・改訂)/ S.クマー(共著)/ 大田 竜也(共訳)/ 竹崎 直子(共訳)
  • 第1章 進化の分子生物学的基礎
    • 1.1 生命の進化系統樹
    • 1.2 進化の機構
    • 1.3 遺伝子の構造と機能
    • 1.4 DNA配列の変化と突然変異
    • 1.5 コドンとその使用頻度
  • 第2章 アミノ酸配列の進化的変化
    • 2.1 アミノ酸の違いとアミノ酸の異なるサイトの割合
    • 2.2 ポアソン補正(PC)距離とガンマ補正距離
    • 2.3 ブートストラップ分散と共分散
    • 2.4 アミノ酸置換行列
    • 2.5 突然変異率と遺伝子の置換速度
  • 第3章 塩基配列の進化的変化
    • 3.1 塩基配列間の違い
    • 3.2 塩基置換数の推定
    • 3.3 ガンマ補正距離
    • 3.4 進化距離の推定
    • 3.5 塩基配列のアラインメント
    • 3.6 進化距離を推定する場合の配列ギャップの扱い方
  • 第4章 同義および非同義塩基置換数
    • 4.1 進化経路法
    • 4.2 Kimuraのモデルに基づいた方法
    • 4.3 コドンの第一,第二および第三ポジションでの塩基置換
    • 4.4 最尤法による推定
  • 第5章 系統樹
    • 5.1 系統樹の種類
    • 5.2 樹形の違い
    • 5.3 系統樹作成法
    • 5.4 系統樹作成法に関する論争
  • 第6章 系統樹の推定:距離法
    • 6.1 UPGMA
    • 6.2 最小二乗(LS:least squares)法
    • 6.3 最小進化(ME:minimum evolution)法
    • 6.4 近隣結合(NJ:neighbor‐joining)法
    • 6.5 系統樹作成に適当な進化距離
  • 第7章 系統樹の推定:最節約法
    • 7.1 最節約(MP)系統樹の作成原理
    • 7.2 MP系統樹の検索方法
    • 7.3 コンセンサス系統樹
    • 7.4 枝長の推定
    • 7.5 加重節約法
    • 7.6 アミノ酸配列を用いたMP法
    • 7.7 共有派生形質
  • 第8章 系統樹の推定:最尤法
    • 8.1 ML法の計算手続き
    • 8.2 塩基置換モデル
    • 8.3 タンパクデータを用いた最尤法
    • 8.4 最尤法の理論的基礎
    • 8.5 特定の樹形でのパラメーター推定
    • 8.6 ベイズ法による系統樹作成
  • 第9章 系統樹の精度と統計的検定
    • 9.1 最適化原理と樹形の誤り
    • 9.2 内部枝検定
    • 9.3 ブートストラップ検定
    • 9.4 樹形の違いの検定
    • 9.5 様々な系統樹作成法の長所と短所
  • 第10章 分子時計と線形化系統樹
    • 10.1 分子時計仮説
    • 10.2 相対速度検定
    • 10.3 系統樹を用いた検定
    • 10.4 線形化系統樹
    • 10.5 分子時計が成り立たない揚合の進化時間の推定
  • 第11章 祖先タンパクのアミノ酸配列と自然選択
    • 11.1 祖先配列の推測:節約法
    • 11.2 祖先配列の推測:ベイズ法
    • 11.3 祖先の枝で生じた同義置換数と非同義置換数
    • 11.4 各コドン・サイトにおける自然選択
    • 11.5 収斂進化と平行進化
  • 第12章 遺伝的多型と進化
    • 12.1 遺伝的多型の進化的意義
    • 12.2 遺伝子頻度データの解析
    • 12.3 分集団における遺伝的多様性
    • 12.4 多くの遺伝子座での遺伝的変異
    • 12.5 DNA多型
    • 12.6 自然選択を検出するための統計的方法
  • 第13章 遺伝的マーカーによる集団系統樹
    • 13.1 遺伝子頻度データのための遺伝距離
    • 13.2 制限酵素による塩基配列の解析
    • 13.3 RAPDデータの解析
  • 第14章 将来への展望
    • 14.1 統計的方法
    • 14.2 ゲノム計画
    • 14.3 分子生物学と進化
  • 付録
    • A 数学記号と数学表記
    • B 地質年代
    • C 新生代と中生代の地質学的できごと
    • D 化石データに基づく生物進化上のできごと