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目次

  • A章 分子シミュレーションの基礎知識
    • A1 分子シミュレーションとは何ですか?
    • A2 分子動力学法とは何ですか?
    • A3 分子力場とは何ですか?
    • A4 分子動力学法で使う近似について教えてください
    • A5 分子動力学法とモンテカルロ法はどこが違うのですか?
    • A6 分子動力学法では電子の運動はどうなっているのですか?
    • A7 分子動力学法では温度や圧力はどうなっているのですか?
    • A8 熱浴制御について教えてください
    • A9 どのような実験値が計算できるか教えてください
    • A10 自由エネルギー計算について教えてください
    • A11 単位についての注意点を教えてください
    • A12 実験値との比較について教えてください
  • B章 計算環境のセットアップ
    • B1 一度,分子シミュレーションを試してみたいのですが
    • B2 どのような分子シミュレーションプログラムがありますか?
    • B3 AMBERについて教えてください
    • B4 AMBERのバージョンによる違いを教えてください
    • B5 端末からサーバーを利用する方法を教えてください
    • B6 AMBERのインストールの仕方を教えてください
    • B7 マルチコアCPUで並列化したいのですが
    • B8 計算機ノード間で並列化したいのですが
    • B9 計算結果を可視化するためのソフトウェアを教えてください
  • C章 計算を始めてみよう
    • C1 計算の一連の流れを教えてください
    • C2 計算の実行方法を教えてください
    • C3 AMBERのインプットファイルについて教えてください
    • C4 AMBERのインプットファイルの作り方を教えてください
    • C5 力場の設定方法を教えてください
    • C6 AMBERのアウトプットファイルについて教えてください
    • C7 VMDで可視化を行うときのコツを教えてください
    • C8 分子運動の動画を作る方法を教えてください
    • C9 平衡化計算について教えてください
    • C10 エネルギー変化について知りたいのですが
    • C11 拡散係数の求め方を教えてください
    • C12 動径分布関数について教えてください
    • C13 対象系のサイズと計算時間の関係を教えてください
    • C14 エラーの意味と対処法を教えてください
  • D章 孤立分子系や気相分子系を取り扱ってみよう
    • D1 孤立分子系の計算手順を教えてください
    • D2 分子内力場について教えてください
    • D3 エネルギー最小化について教えてください
    • D4 配座異性体の安定性について教えてください
    • D5 気相分子系の計算手順を教えてください
    • D6 古典分子動力学法では反応を扱うことはできないのですか?
    • D7 基準振動解析について教えてください
    • D8 化学平衡の取り扱い方を教えてください
  • E章 分子凝縮系を取り扱ってみよう
    • E1 分子凝縮系の計算手順を教えてください
    • E2 溶媒水分子モデルにはどのような種類がありますか?
    • E3 周期境界条件を使用するときのポイントを教えてください
    • E4 溶媒和ボックスについて教えてください
    • E5 相互作用カットオフや基本セルの大きさはどう決めるのですか?
    • E6 分子間力場について教えてください
    • E7 熱平衡状態であるかの判断はどのようにするのですか?
    • E8 溶媒和構造について教えてください
    • E9 自由エネルギーを求める具体的手順を教えてください
    • E10 エワルド計算を行うときの注意点を教えてください
    • E11 一般化ボルンモデルについて教えてください
    • E12 溶媒効果について教えてください
    • E13 電荷やレナード・ジョーンズパラメーターの作り方を教えてください
    • E14 AMBERにないポテンシャル力場を使うには?
    • E15 ANTECHAMBERによる力場の作成方法を教えてください
  • F章 生体分子を取り扱ってみよう
    • F1 PDBファイルについて教えてください
    • F2 生体分子の計算手順を教えてください
    • F3 アミノ酸配列から初期構造を作成する手順を教えてください
    • F4 pHの指定はできますか?
    • F5 N,C末端の状態を指定したいのですが
    • F6 ジスルフィド結合を含む系を作成したいのですが
    • F7 変異体の計算をしたいのですが
    • F8 Water capについて教えてください
    • F9 RMSフィットについて教えてください
    • F10 タンパク質の構造変化の算出方法について教えてください
    • F11 αヘリックスやβシートといった二次構造の判別方法を教えて下さい
    • F12 溶媒露出面積の計算がしたいのですが
    • F13 DNA/RNAの計算方法を教えてください
    • F14 糖鎖の計算方法を教えてください
    • F15 SHAKE法やRATTLE法を使う意味を教えてください
    • F16 タンパク質のフォールディングは再現できますか?
    • F17 リガンドと受容体の親和性を計算したいのですが
    • F18 脂質膜の計算をしたいのですが
    • F19 ヘムの力場の使い方を教えてください