第１章タンパク質の結晶化
- １．１はじめに
- １．２タンパク質結晶化の原理
- １．３結晶化の手法
- １．４リゾチームの結晶化
- １．５結晶についての予備的ノート
- １．６Ｘ線回折実験の準備
- １．７凍結操作
- １．８ノート
- まとめ
第２章Ｘ線源と検出器
- ２．１はじめに
- ２．２Ｘ線源
- ２．３モノクロメーター
- ２．４カメラと検出器
- ２．５検出器
- ２．６振動カメラ
- まとめ
第３章結晶
- ３．１はじめに
- ３．２対称
- ３．３タンパク質結晶で可能な対称
- ３．４座標値：一般位置と特殊位置
- ３．５非対称単位
- ３．６点群
- ３．７結晶系
- ３．８放射線損傷
- ３．９結晶のキャラクタリゼーション
- まとめ
第４章結晶によるＸ線回折の理論
- ４．１はじめに
- ４．２波とその加え合わせ
- ４．３二電子系
- ４．４原子による散乱
- ４．５単位胞による散乱
- ４．６結晶による散乱
- ４．７回折条件
- ４．８逆格子とＥｗａｌｄ作図
- ４．９温度因子
- ４．１０電子密度ρ（ｘｙｚ）の計算
- ４．１１Ｆ（ｈｋｌ）とＦ（ｈｋｌ）の比較
- ４．１２回折パターンの対称
- ４．１３中心格子に対するｈｋｌ反射条件
- ４．１４結晶によって回折される強度
- ４．１５原子の並ぶ面による反射
- ４．１６波長の選択，単位胞の大きさ，回折強度の補正
- まとめ
第５章反射強度の平均と構造因子データの分布
- ５．１はじめに
- ５．２平均強度Ｗｉｌｓｏｎプロット
- ５．３構造因子Ｆと構造因子振幅｜Ｆ｜の分布
- ５．４双晶
- まとめ
第６章構造因子の特殊な形式
- ６．１はじめに
- ６．２ユニタリ構造因子
- ６．３規格化構造因子
- まとめ
第７章同形置換法による位相問題の解決法
- ７．１はじめに
- ７．２パターソン関数
- ７．３同形置換法
- ７．４Ｘ線強度に対する重原子の効果
- ７．５対称心をもつ投影から重原子パラメータの決定
- ７．６非セントリック反射から求めた重原子パラメータ
- ７．７差フーリエ合成
- ７．８異常分散
- ７．９異常分散パターソン合成
- ７．１０すべての誘導体に対する共通の原点
- ７．１１タンパク質の初期位相角を用いての重原子パラメータの精密化
- ７．１２タンパク質の位相角
- ７．１３最良フーリエ図の残留誤差
- ７．１４単一同形置換法
- まとめ
第８章位相の改善
- ８．１はじめに
- ８．２Ｓｉｍ重みとオミットマップ
- ８．３溶媒平滑化
- ８．４非結晶学的対称と分子平均化
- ８．５ヒストグラムマッチング法
- ８．６ｗＡＲＰによる重複精密化ダミー原子モデルの重みつき平均化
- ８．７デンシティーモディフィケーションに関する再考察
- まとめ
第９章タンパク質位相角と絶対配置の決定における異常散乱
- ９．１はじめに
- ９．２異常散乱によるタンパク質位相角決定
- ９．３異常散乱を用いたタンパク質位相角の改善
- ９．４絶対配置の決定
- ９．５多波長異常分散法（ＭＡＤ法）と単波長異常分散法（ＳＡＤ法）
- まとめ
第１０章分子置換法
- １０．１はじめに
- １０．２回転関数
- １０．３並進関数
- まとめ
第１１章直接法
- １１．１はじめに
- １１．２Ｓｈａｋｅ‐ａｎｄ‐Ｂａｋｅ
- １１．３ＳＨＥＬＸＤ
- １１．４最大エントロピーの原理
- まとめ
第１２章ラウエ回折
- １２．１はじめに
- １２．２逆空間の利用可能領域
- １２．３エネルギー重複
- １２．４エネルギー重複した反射強度の分離
- １２．５回折斑点の空間重複問題
- １２．６波長規格化
- まとめ
第１３章モデル構造の精密化
- １３．１はじめに
- １３．２精密化の数学的基礎
- １３．３高速フーリエ変換（ＦＦＴ）法の原理
- １３．４特殊な精密化方法
- まとめ
第１４章位相情報の組合わせ
- １４．１はじめに
- １４．２同形置換法による位相情報
- １４．３異常分散効果による位相情報
- １４．４部分構造，溶媒平滑化，分子平均化による位相情報
- １４．５ＳＡＤ法による位相情報
- まとめ
第１５章構造の誤りのチェックと確度の計算
- １５．１はじめに
- １５．２Ｒ因子
- １５．３Ｒａｍａｃｈａｎｄｒａｎプロット
- １５．４立体化学によるチェック
- １５．５３Ｄ−１Ｄプロフィール法
- １５．６最終構造の座標誤差の定量的推定
- まとめ
第１６章タンパク質結晶化の実際
- １６．１はじめに
- １６．２遺伝子クローニングと発現
- １６．３タンパク精製
- １６．４タンパク質結晶化
- まとめ
付録１電子密度マップの計算に用いる数式のまとめ
付録２信頼度因子のまとめ
付録３Ｘ線強度の計数誤差