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目次

タンパク質のX線結晶解析法 第2版

タンパク質のX線結晶解析法 第2版

  • J.ドレント(著)/ 竹中 章郎(訳)/ 勝部 幸輝(訳)/ 笹田 義夫(訳)/ 若槻 壮市(訳)
  • 第1章 タンパク質の結晶化
    • 1.1 はじめに
    • 1.2 タンパク質結晶化の原理
    • 1.3 結晶化の手法
    • 1.4 リゾチームの結晶化
    • 1.5 結晶についての予備的ノート
    • 1.6 X線回折実験の準備
    • 1.7 凍結操作
    • 1.8 ノート
    • まとめ
  • 第2章 X線源と検出器
    • 2.1 はじめに
    • 2.2 X線源
    • 2.3 モノクロメーター
    • 2.4 カメラと検出器
    • 2.5 検出器
    • 2.6 振動カメラ
    • まとめ
  • 第3章 結晶
    • 3.1 はじめに
    • 3.2 対称
    • 3.3 タンパク質結晶で可能な対称
    • 3.4 座標値:一般位置と特殊位置
    • 3.5 非対称単位
    • 3.6 点群
    • 3.7 結晶系
    • 3.8 放射線損傷
    • 3.9 結晶のキャラクタリゼーション
    • まとめ
  • 第4章 結晶によるX線回折の理論
    • 4.1 はじめに
    • 4.2 波とその加え合わせ
    • 4.3 二電子系
    • 4.4 原子による散乱
    • 4.5 単位胞による散乱
    • 4.6 結晶による散乱
    • 4.7 回折条件
    • 4.8 逆格子とEwald作図
    • 4.9 温度因子
    • 4.10 電子密度ρ(xyz)の計算
    • 4.11 F(hkl)とF(hkl)の比較
    • 4.12 回折パターンの対称
    • 4.13 中心格子に対するhkl反射条件
    • 4.14 結晶によって回折される強度
    • 4.15 原子の並ぶ面による反射
    • 4.16 波長の選択,単位胞の大きさ,回折強度の補正
    • まとめ
  • 第5章 反射強度の平均と構造因子データの分布
    • 5.1 はじめに
    • 5.2 平均強度Wilsonプロット
    • 5.3 構造因子Fと構造因子振幅|F|の分布
    • 5.4 双晶
    • まとめ
  • 第6章 構造因子の特殊な形式
    • 6.1 はじめに
    • 6.2 ユニタリ構造因子
    • 6.3 規格化構造因子
    • まとめ
  • 第7章 同形置換法による位相問題の解決法
    • 7.1 はじめに
    • 7.2 パターソン関数
    • 7.3 同形置換法
    • 7.4 X線強度に対する重原子の効果
    • 7.5 対称心をもつ投影から重原子パラメータの決定
    • 7.6 非セントリック反射から求めた重原子パラメータ
    • 7.7 差フーリエ合成
    • 7.8 異常分散
    • 7.9 異常分散パターソン合成
    • 7.10 すべての誘導体に対する共通の原点
    • 7.11 タンパク質の初期位相角を用いての重原子パラメータの精密化
    • 7.12 タンパク質の位相角
    • 7.13 最良フーリエ図の残留誤差
    • 7.14 単一同形置換法
    • まとめ
  • 第8章 位相の改善
    • 8.1 はじめに
    • 8.2 Sim重みとオミットマップ
    • 8.3 溶媒平滑化
    • 8.4 非結晶学的対称と分子平均化
    • 8.5 ヒストグラムマッチング法
    • 8.6 wARPによる重複精密化ダミー原子モデルの重みつき平均化
    • 8.7 デンシティーモディフィケーションに関する再考察
    • まとめ
  • 第9章 タンパク質位相角と絶対配置の決定における異常散乱
    • 9.1 はじめに
    • 9.2 異常散乱によるタンパク質位相角決定
    • 9.3 異常散乱を用いたタンパク質位相角の改善
    • 9.4 絶対配置の決定
    • 9.5 多波長異常分散法(MAD法)と単波長異常分散法(SAD法)
    • まとめ
  • 第10章 分子置換法
    • 10.1 はじめに
    • 10.2 回転関数
    • 10.3 並進関数
    • まとめ
  • 第11章 直接法
    • 11.1 はじめに
    • 11.2 Shake‐and‐Bake
    • 11.3 SHELXD
    • 11.4 最大エントロピーの原理
    • まとめ
  • 第12章 ラウエ回折
    • 12.1 はじめに
    • 12.2 逆空間の利用可能領域
    • 12.3 エネルギー重複
    • 12.4 エネルギー重複した反射強度の分離
    • 12.5 回折斑点の空間重複問題
    • 12.6 波長規格化
    • まとめ
  • 第13章 モデル構造の精密化
    • 13.1 はじめに
    • 13.2 精密化の数学的基礎
    • 13.3 高速フーリエ変換(FFT)法の原理
    • 13.4 特殊な精密化方法
    • まとめ
  • 第14章 位相情報の組合わせ
    • 14.1 はじめに
    • 14.2 同形置換法による位相情報
    • 14.3 異常分散効果による位相情報
    • 14.4 部分構造,溶媒平滑化,分子平均化による位相情報
    • 14.5 SAD法による位相情報
    • まとめ
  • 第15章 構造の誤りのチェックと確度の計算
    • 15.1 はじめに
    • 15.2 R因子
    • 15.3 Ramachandranプロット
    • 15.4 立体化学によるチェック
    • 15.5 3D−1Dプロフィール法
    • 15.6 最終構造の座標誤差の定量的推定
    • まとめ
  • 第16章 タンパク質結晶化の実際
    • 16.1 はじめに
    • 16.2 遺伝子クローニングと発現
    • 16.3 タンパク精製
    • 16.4 タンパク質結晶化
    • まとめ
  • 付録1 電子密度マップの計算に用いる数式のまとめ
  • 付録2 信頼度因子のまとめ
  • 付録3 X線強度の計数誤差

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