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目次

  • 1.はじめに
    • 1.1 遺伝子情報学からパーソナルゲノム情報学へ
    • 1.2 複雑系としての生命
    • 1.3 本書の構成
    • 本章のまとめ
    • 参考図書
  • 2.パーソナルゲノム解析
    • 2.1 パーソナルゲノム解析とは
    • 2.2 高性能DNAシークエンシング技術
    • 2.3 倫理的・法律的・社会的諸問題(ELSI)
    • 本章のまとめ
  • 3.ゲノム変異解析
    • 3.1 ゲノム変異解析とは
    • 3.2 単一塩基多型(SNP)
    • 3.3 塩基欠失変異(INDEL)
    • 3.4 遺伝子コピー数変異
    • 3.5 高密度DNAアレイ
    • 談話室 三毛猫には,なぜオスがいないのか?
    • 本章のまとめ
  • 4.疾患関連遺伝子探索
    • 4.1 疾患関連遺伝子探索とは
    • 4.2 ゲノムワイド相関解析
    • 4.3 分割表のχ2検定による有意性判定
    • 4.4 多重検定問題
    • 談話室 みんなで引けば,くじ運が上昇する?
    • 4.5 FDR
    • 4.6 糖尿病ゲノムワイド相関解析
    • 4.7 候補遺伝子探索
    • 本章のまとめ
  • 5.トランスクリプトーム解析
    • 5.1 トランスクリプトームとは
    • 5.2 遺伝子発現機構
    • 5.3 遺伝子発現解析
    • 5.4 expression QTL解析
    • 本章のまとめ
  • 6.プロテオーム解析
    • 6.1 プロテオームとは
    • 6.2 タンパク質間相互作用ネットワーク
    • 6.3 転写後発現調節
    • 6.4 診断バイオマーカ探索
    • 本章のまとめ
  • 7.メタボローム解析
    • 7.1 メタボロームとは
    • 7.2 メタボローム解析手法
    • 7.3 化学量論的行列解析
    • 7.4 メタボノミクス
    • 談話室 グルコース取込みトランスポータ(GLUT)のkm値はなぜ違う?
    • 本章のまとめ
  • 8.オントロジー
    • 8.1 オントロジーとは
    • 8.2 参照オントロジーの設計思想
    • 8.3 オントロジー構築法
    • 本章のまとめ
  • 9.モデリング
    • 9.1 モデリングとは
    • 9.2 Popperianモデル
    • 9.3 Baconianモデル
    • 9.4 遺伝子発現制御ネットワーク推定
    • 9.5 ネットワークモチーフ抽出
    • 9.6 パラメータ最適化
    • 本章のまとめ
  • 10.薬物相互作用予測
    • 10.1 薬物相互作用予測とは
    • 10.2 薬物相互作用オントロジー
    • 10.3 薬物動態モデルの自動生成
    • 10.4 仮想ポピュレーション
    • 本章のまとめ