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目次

バイオインフォマティクス

バイオインフォマティクス

  • A.ポランスキ(著)/ M.キンメル(著)/ 後藤 修(訳)
  • 第1章 はじめに
    • 1.1 バイオインフォマティクスの起源
    • 1.2 バイオインフォマティクスと他の研究分野
    • 1.3 さらなる開発:線形情報から多次元構造組織へ
    • 1.4 数理的および計算的手法
    • 1.5 応用
  • 第Ⅰ部 数理的および計算的手法
  • 第2章 確率と統計
    • 2.1 確率計算の規則
    • 2.2 確率変数
    • 2.3 離散分布と連続分布の例
    • 2.4 最尤推定
    • 2.5 パラメータを推定する他の方法:比較研究
    • 2.6 期待値最大化法
    • 2.7 統計的検定
    • 2.8 マルコフ連鎖
    • 2.9 マルコフ連鎖モンテカルロ(MCMC)法
    • 2.10 隠れマルコフモデル
    • 2.11 演習問題
  • 第3章 コンピュータ科学のアルゴリズム
    • 3.1 アルゴリズム
    • 3.2 ソートとクイックソート
    • 3.3 文字列検索,高速検索
    • 3.4 文字列のための索引構造,検索トライ,接尾辞木
    • 3.5 バローズ−ホイーラー変換
    • 3.6 ハッシング
    • 3.7 演習問題
  • 第4章 パターン解析
    • 4.1 特徴抽出
    • 4.2 分類
    • 4.3 クラスタリング
    • 4.4 次元削減,主成分分析
    • 4.5 パラメトリック変換
    • 4.6 演習問題
  • 第5章 最適化
    • 5.1 静的最適化
    • 5.2 動的計画法
    • 5.3 組合せ最適化
    • 5.4 演習問題
  • 第Ⅱ部 応用
  • 第6章 配列アラインメント
    • 6.1 可能なアラインメントの数
    • 6.2 ドットマトリックス
    • 6.3 一致と不一致へのスコアリング
    • 6.4 スコア関数の開発
    • 6.5 動的計画法を用いた配列アラインメント
    • 6.6 データベースに対する配列アラインメント
    • 6.7 多重配列アラインメント法
    • 6.8 演習問題
  • 第7章 分子系統学
    • 7.1 系統樹:用語と方法
    • 7.2 系統樹作成方法の概要
    • 7.3 距離法に基づいた系統樹
    • 7.4 最尤推定(フェルゼンシュタイン)系統樹
    • 7.5 最大節約系統樹
    • 7.6 系統樹モデルに関する様々な話題
    • 7.7 合祖理論
    • 7.8 演習問題
  • 第8章 ゲノミクス
    • 8.1 DNA分子と分子生物学のセントラルドグマ
    • 8.2 ゲノム構造
    • 8.3 ゲノム配列の決定
    • 8.4 ゲノムアセンブリのアルゴリズム
    • 8.5 ゲノムのカバーの統計学
    • 8.6 ゲノムアノテーション
    • 8.7 演習問題
  • 第9章 プロテオミクス
    • 9.1 タンパク質構造
    • 9.2 アミノ酸配列とタンパク質構造の実験的決定
    • 9.3 分子構造モデリングのコンピュータ科学的手法
    • 9.4 コンピュータによるタンパク質の構造と機能予測
    • 9.5 演習問題
  • 第10章 RNA
    • 10.1 RNAワールド仮説
    • 10.2 RNAの機能
    • 10.3 逆転写によるRNA鎖配列決定
    • 10.4 ノーザンプロット
    • 10.5 RNAの一次構造
    • 10.6 RNAの二次構造
    • 10.7 RNAの三次構造
    • 10.8 RNA二次構造のコンピュータによる予測
    • 10.9 配列比較解析によるRNA構造予測
    • 10.10 演習問題
  • 第11章 DNAマイクロアレイ
    • 11.1 DNAマイクロアレイの設計
    • 11.2 結合過程の速度論
    • 11.3 データの前処理と規格化
    • 11.4 遺伝子発現プロファイルの統計
    • 11.5 クラス予測とクラス発見
    • 11.6 次元の削減
    • 11.7 クラス発見
    • 11.8 クラス予測,特異的発現を示す遺伝子
    • 11.9 多重検定と偽発見率(FDR)解析
    • 11.10 Gene Ontologyデータベース
    • 11.11 演習問題
  • 第12章 生物情報データベースとインターネット資源
    • 12.1 ゲノムデータベース
    • 12.2 タンパク質データベース
    • 12.3 RNAデータベース
    • 12.4 遺伝子発現データベース
    • 12.5 オントロジー・データベース
    • 12.6 遺伝子・タンパク質のパスウェイ・データベース
    • 12.7 プログラムとサービス
    • 12.8 医学データベース