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目次

  • 1.バイオインフォマティクスin silico:その第一歩
    • 1.1 “in silico”と“in carbo”
    • 1.2 まず探してみよう
  • 2.ヌクレオチド,DNA,RNA
    • 2.1 ヌクレオチドからDNAへ
    • 2.2 RNA
    • 2.3 セントラルドグマ
    • 2.4 DNAの半保存的複製
    • 2.5 遺伝情報の転写
    • 2.6 若干のウェットバイオロジー:PCR
  • 3.遺伝子コード,アミノ酸,タンパク質
    • 3.1 20種類のアミノ酸と64種類のコドン
    • 3.2 SARSゲノム中のアミノ酸配列
    • 3.3 読み枠と読み取り枠
    • 3.4 アミノ酸結合:ペプチドとタンパク質
    • 3.5 遺伝情報の翻訳
    • 3.6 まとめの例題
  • 4.原核生物,真核生物,ウィルス
    • 4.1 生物界の分類
    • 4.2 原核生物
    • 4.3 真核生物
    • 4.4 ウィルス
  • 5.遺伝子とその周辺
    • 5.1 原核生物の遺伝子
    • 5.2 真核生物の遺伝子
    • 5.3 選択的スプライシング
    • 5.4 データベースを調べてみる
    • 5.5 ミトコンドリアDNA
  • 6.配列どうしの比較
    • 6.1 配列どうしが似ているとは
    • 6.2 BLAST
    • 6.3 BLASTが示す類似性:E値とビットスコア
    • 6.4 置換行列
    • 6.5 配列のアラインメント
    • 6.6 いろいろなBLAST
    • 6.7 2本の配列どうしのアラインメント
  • 7.多重アラインメント
    • 7.1 PSI−BLAST
    • 7.2 PHI−BLAST
    • 7.3 ClustalW
  • 8.系統樹を作る
    • 8.1 系統樹とは
    • 8.2 オーソログ,パラログ,ゼノログ
    • 8.3 オーソログ系統樹のための遺伝子収集
    • 8.4 ClustalWによる系統樹の作成
    • 8.5 Phylip:専門家レベルの系統樹作成ツール
    • 8.6 系統樹作成のアルゴリズム
    • 8.7 自分でツールをそろえよう
  • 9.二次構造
    • 9.1 RNAの二次構造
    • 9.2 タンパク質の二次構造
  • 10.三次構造
    • 10.1 三次構造を見る
    • 10.2 3次元表示ツール:Cn3D
    • 10.3 データベースにあるタンパク質の三次構造を見る
    • 10.4 データベース中にある三次構造の検索と重ね合わせ
    • 10.5 一般のアミノ酸配列と三次構造がすでに得られている配列との比較
  • 11.スニップ,ハプロタイプ,ディプロタイプ,マイクロアレイ
    • 11.1 SNP(スニップ)
    • 11.2 ハプロタイブ
    • 11.3 ディプロタイプ
    • 11.4 DNAチップ
  • 12.遺伝子のスイッチ
    • 12.1 プロモーターと遺伝子のオン・オフ
    • 12.2 原核生物のプロモーター
    • 12.3 真核生物のプロモーター
  • 13.In silicoツールの基礎理論Ⅰ:数値化とデータの判別
    • 13.1 数値化の手法
    • 13.2 データのクラス分けと教師信号
    • 13.3 教師なしの競合学習
    • 13.4 教師あり学習
  • 14.In silicoツールの基礎理論Ⅱ:もっと確率を
    • 14.1 確率空間とデータ
    • 14.2 隠れマルコフモデル:データの出てくる構造は?
    • 14.3 EMアルゴリズム:すべてのデータは不完全
    • 14.4 α−EMアルゴリズムとα−HMMアルゴリズム
  • 15.新パラダイムの登場
    • 15.1 遺伝子組み換え
    • 15.2 細胞の分化と初期化
    • 15.3 コンピュータが生物の親になる日
    • 15.4 ICTが関わる新パラダイム

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