サイト内検索

詳細検索

ヘルプ

セーフサーチについて

性的・暴力的に過激な表現が含まれる作品の表示を調整できる機能です。
ご利用当初は「セーフサーチ」が「ON」に設定されており、性的・暴力的に過激な表現が含まれる作品の表示が制限されています。
全ての作品を表示するためには「OFF」にしてご覧ください。
※セーフサーチを「OFF」にすると、アダルト認証ページで「はい」を選択した状態になります。
※セーフサーチを「OFF」から「ON」に戻すと、次ページの表示もしくはページ更新後に認証が入ります。

送料無料 日付更新(2017年7月)

修正:1,000円以上の注文で3%OFFクーポン(0818-22)

目次

生体分子の統計力学入門 タンパク質の動きを理解するために

生体分子の統計力学入門 タンパク質の動きを理解するために

  • Daniel M.Zuckerman(著)/ 藤崎 弘士(訳)/ 藤崎 百合(訳)
  • 第1章 タンパク質は生物学を知らない
    • 1.1 プロローグ:キャンディー,ホコリ,生物学の統計物理
    • 1.2 本書での基本原理
    • 1.3 本書について
    • 1.4 分子的なプロローグ:ブタンの1日の生活
    • 1.5 タンパク質にとって平衡とは?
    • 1.6 実験に関して一言
    • 1.7 動画を作る:分子動力学シミュレーションの基本
    • 1.8 タンパク質の構造の基本
    • 1.9 各章について
  • 第2章 すべての核心:確率論
    • 2.1 はじめに
    • 2.2 1次元分布の基本
    • 2.3 揺らぎと誤差
    • 2.4 2次元:射影と相関
    • 2.5 簡単な統計がモーター・タンパク質のメカニズムを明らかにするのに役立つ
    • 2.6 追加の問題:軌道の解析
  • 第3章 簡単な系から大いに学ぼう:1次元での平衡統計力学
    • 3.1 はじめに
    • 3.2 エネルギー地形は確率分布だ
    • 3.3 配置ではなく,状態
    • 3.4 自由エネルギー:確率論を信じれば.常識にすぎない
    • 3.5 エントロピー:それはただの名前である
    • 3.6 まとめ
    • 3.7 簡単な系から物理的直観を得る
    • 3.8 ゆるい終わり方:適正な次元,運動エネルギー
  • 第4章 自然は分配関数を計算しない:基本的なダイナミクスと平衡
    • 4.1 はじめに
    • 4.2 ニュートンのダイナミクス:決定論的だが,予測できない
    • 4.3 バリア越え:活性化過程
    • 4.4 流束の釣り合い:平衡の定義
    • 4.5 再び,簡単な拡散
    • 4.6 確率過程ダイナミクスについて追加:ランジュバン方程式
    • 4.7 重要な道具:相関時間と相関関数
    • 4.8 すべてをまとめると
    • 4.9 いろいろな誤差:分子シミュレーションのダイナミクス
    • 4.10 ミニプロジェクト:2重井戸ダイナミクス
  • 第5章 分子は相関している!多次元の統計力学
    • 5.1 はじめに
    • 5.2 3次元以上の系のための準備
    • 5.3 座標と力場
    • 5.4 1個の分子の分配関数
    • 5.5 多分子系
    • 5.6 自由エネルギーは,やはり確率を与える
    • 5.7 まとめ
  • 第6章 複雑さから単純さへ:平均力ポテンシャル(PMF)
    • 6.1 はじめに:PMFはそこら中にある
    • 6.2 平均力ポテンシャルは自由エネルギーのようなものである
    • 6.3 PMFは反応レートや遷移状態を与えないかもしれない
    • 6.4 動径分布関数
    • 6.5 PMFは「知識ベースの」(統計的な)ポテンシャルにおいて基礎となる
    • 6.6 まとめ:PMFの意味,利用法,その限界
  • 第7章 「自由」エネルギーの何が自由なのか?本質的な熱力学
    • 7.1 はじめに
    • 7.2 統計熱力学:微分することができる?
    • 7.3 理想気体を大好きになる
    • 7.4 退屈だが真:第一法則はエネルギーの保存則を表す
    • 7.5 G対F:他の自由エネルギーと,なぜそれらが重要なのか
    • 7.6 自由エネルギーとその微分のまとめ
    • 7.7 第二法則と(ときどき)自由エネルギー最小化
    • 7.8 熱量測定:鍵となる熱力学的な技術
    • 7.9 熱力学の必要最低限な本質
    • 7.10 この章で触れなかった重要なトピックス
  • 第8章 もっとも重要な分子:水の静電統計学
    • 8.1 水の構造の基本
    • 8.2 水分子は多くの結晶構造において構造的な要素である
    • 8.3 水のpHと酸塩基の考え方
    • 8.4 疎水効果
    • 8.5 水は強誘電体である
    • 8.6 水中の電荷+塩=遮蔽(スクリーニング)
    • 8.7 溶解度について簡単に
    • 8.8 まとめ
    • 8.9 追加の問題:微分的な静電気学を理解する
  • 第9章 結合とアロステリーの基礎
    • 9.1 結合の動的な見方:結合レートと解離レート
    • 9.2 マクロな平衡と結合定数
    • 9.3 結合の構造的・熱力学的な見方
    • 9.4 相対的な親和性を理解する:ΔΔGと熱力学サイクル
    • 9.5 ATPのような「燃料」へのエネルギー貯蔵
    • 9.6 統計力学による結合の直接的な記述
    • 9.7 アロステリーと協同性
    • 9.8 基本的な酵素触媒反応
    • 9.9 pHとpKa
    • 9.10 まとめ
  • 第10章 構造変化の速度論とタンパク質の折り畳み
    • 10.1 はじめに:ベイスン,基質,状態
    • 10.2 多状態系の速度論的な解析
    • 10.3 タンパク質の構造変化とアロステリックな変化
    • 10.4 タンパク質の折り畳み
    • 10.5 まとめ
  • 第11章 アンサンブルのダイナミクス:軌道から拡散と速度論へ
    • 11.1 はじめに:軌道とアンサンブルに戻る
    • 11.2 1次元のアンサンブル・ダイナミクス
    • 11.3 4つの重要な軌道アンサンブル
    • 11.4 軌道のアンサンブルから観測量へ
    • 11.5 拡散とその先:発展する確率分布
    • 11.6 Jarzynski関係式と単分子現象
    • 11.7 まとめ
  • 第12章 生体分子のシミュレーションを統計的な視点から
    • 12.1 はじめに:考え方であって,マニュアルではない
    • 12.2 まずモデルを選ぼう:詳細なモデルか,簡易版か
    • 12.3 「基本的な」シミュレーションはダイナミクスを模倣する
    • 12.4 メトロポリス・モンテカルロ法:基本的な方法とそのバリエーション
    • 12.5 別の基本的な方法:再重み付け(リウェイティング)とそのバリエーション
    • 12.6 離散状態のシミュレーション
    • 12.7 どのように平衡系のシミュレーションの質を判断するか
    • 12.8 自由エネルギーとPMFの計算
    • 12.9 経路アンサンブル:軌道をサンプリングする
    • 12.10 タンパク質の折り畳み:ダイナミクスと構造予測
    • 12.11 まとめ