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目次

ビッグデータ時代のゲノミクス情報処理

ビッグデータ時代のゲノミクス情報処理

  • 北上 始(共著)/ 斎藤 成也(共著)/ 太田 聡史(共著)
  • 1.ゲノム情報のデータベース
    • 1.1 ビッグデータとしてのゲノム情報
    • 1.2 生命科学と情報科学
    • 1.3 塩基配列データベース
    • 1.4 モチーフデータベース
    • 1.5 タンパク質立体構造データベース
    • 1.6 構造分類データベース
    • 1.7 さまざまなデータベース
    • 1.8 オントロジー
    • 引用・参考文献
  • 2.ゲノム配列の決定と解析
    • 2.1 次世代シークエンサーとは
    • 2.2 塩基配列決定における情報学的側面
    • 2.3 相同性検索と多重整列化
    • 2.4 塩基置換数の推定
    • 2.5 遺伝子予測に基づくゲノムアノテーション
    • 2.6 SNPの同定と解析
    • 引用・参考文献
  • 3.モチーフの表現と抽出
    • 3.1 類似性検索
    • 3.2 多重整列化
    • 3.3 プロファイルと類似性検索
    • 3.4 プロファイルHMMの導出法
    • 3.5 頻出な類似部分配列の抽出
    • 3.6 ネットワークモチーフの抽出
    • 引用・参考文献
  • 4.分子進化系統樹の推定
    • 4.1 系統樹と系統ネットワークの数学的性質
    • 4.2 系統樹の生物学的性質
    • 4.3 距離行列からの分子系統樹の推定法
    • 4.4 塩基配列やアミノ酸配列の多重整列化からの分子系統樹の推定法
    • 4.5 系統ネットワーク
    • 引用・参考文献
  • 5.新しい運動機能解析
    • 5.1 ミクロとマクロをつなぐもの
    • 5.2 運動機能解析の歴史
    • 5.3 生体力学
    • 5.4 神経筋骨格モデル
    • 5.5 逆運動学と逆動力学
    • 5.6 バーンスタイン問題
    • 5.7 順動力学とシミュレーション
    • 5.8 体性感覚とホムンクルス
    • 5.9 遺伝子型と表現型
    • 5.10 ゲノムと進化生体力学
    • 引用・参考文献
  • 6.高速ビッグデータマイニングへの展開
    • 6.1 タンパク質立体構造
    • 6.2 類似構造検索
    • 6.3 タンパク質の構造や機能の予測
    • 6.4 分子動力学法
    • 6.5 高速化技術
    • 6.6 Mathematicaの並列処理
    • 引用・参考文献

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