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- カテゴリ:一般
- 発売日:2023/09/28
- 出版社: 羊土社
- サイズ:26cm/301p
- 利用対象:一般
- ISBN:978-4-7581-2267-2
- 国内送料無料
紙の本
RNA−Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ ヒトから非モデル生物まで公共データの活用も充実 改訂版
著者 坊農 秀雅 (編集)
配列解読による発現定量手法であるRNA−Seq。データ解析環境の構築からデータベースへの登録・公開まで解説する。生物を対象としたデータ解析を念頭に改訂。更新情報が届くサー...
RNA−Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ ヒトから非モデル生物まで公共データの活用も充実 改訂版
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商品説明
配列解読による発現定量手法であるRNA−Seq。データ解析環境の構築からデータベースへの登録・公開まで解説する。生物を対象としたデータ解析を念頭に改訂。更新情報が届くサービスのコード(図書館での利用不可)付き。【「TRC MARC」の商品解説】
RNA-Seqデータの解析法が"料理レシピのように"step-by-stepでわかる好評書の改訂第2版です.
Apple silicon搭載MacやWindows+Docker環境を前提にしたほか,リファレンスゲノムを用いない解析やメタ解析をさらに充実.
「サンプルXにはどんな種類の細胞が含まれる?」
「サンプルYとサンプルZの違いを規定する遺伝子はなに?」
といった医学・生命科学研究でよく出会うquestionにこれからRNA-Seqでアプローチする方にも,解析法をアップデートしたい方にも,三ツ星おすすめの"超"鉄板レシピが満載です.
著者から更新情報が届く「Annual Updateサービス(※)」も付録しています.
※ 出版1年後を初回として,以降1年ごとに1回,計3回(3年間)の更新を予定
Chapter 1 まずはこれだけ! 解析環境を整える
Chapter 2 データを入手する
Chapter 3 転写産物の発現を定量する
Chapter 4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う
Chapter 5 発現変動遺伝子群を検出する
Chapter 6 サンプル間で発現変動した遺伝子群の機能を推定する
Chapter 7 サンプル間の類似度を比較する
Chapter 8 公共データから興味あるデータを抽出,発現変動遺伝子群を検出する(メタ解析)
Chapter 9 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う
Chapter 10 論文投稿に必須!データを登録・公開する【商品解説】
目次
- 【目次】
- Chapter 1 まずはこれだけ! 解析環境を整える
- Chapter 2 データを入手する
- (1)RNA-Seq の注意点〜外注時のリード数,小分子・長分子での違いなど
- (コラム)RNA-Seq vs マイクロアレイ
- (2)公共データの利用〜SRAからのデータ取得
- Chapter 3 転写産物の発現を定量する
- (1)リファレンスゲノムにマッピングする方法①〜HISAT2 + StringTie
著者紹介
坊農 秀雅
- 略歴
- 広島大学 大学院統合生命科学研究科 特任教授
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