目次
初心者のための分子モデリング
- A.ヒンチリフ(著)/ 江崎 俊之(訳)
- 第1章 序論
- 1.1 化学構造の描画
- 1.2 三次元的効果
- 1.3 光学活性
- 1.4 プログラム・パッケージ
- 1.5 モデリング
- 1.6 分子構造データベース
- 1.7 ファイルの書式
- 1.8 三次元的表示
- 1.9 タンパク質
- 第2章 電荷とその性質
- 2.1 点電荷
- 2.2 クーロンの法則
- 2.3 対加成性
- 2.4 電場
- 2.5 仕事
- 2.6 電荷分布
- 2.7 相互ポテンシャルエネルギー
- 2.8 力と相互ポテンシャルエネルギーの関係
- 2.9 電気多重極
- 2.10 静電ポテンシャル
- 2.11 誘電体と誘電分極
- 2.12 分極率
- 2.13 多体力
- 第3章 分子間力
- 3.1 二体ポテンシャル
- 3.2 多極展開
- 3.3 電荷−双極子相互作用
- 3.4 双極子−双極子相互作用
- 3.5 温度の考慮
- 3.6 誘起エネルギー
- 3.7 分散エネルギー
- 3.8 反発寄与
- 3.9 結合則
- 3.10 実験との比較
- 3.11 改良された二体ポテンシャル
- 3.12 サイト間ポテンシャル
- 第4章 ばねでつながれた球
- 4.1 振動運動
- 4.2 力の法則
- 4.3 簡単な二原子分子
- 4.4 三つの問題
- 4.5 モース・ポテンシャル
- 4.6 さらに精巧なポテンシャル
- 第5章 分子力学
- 5.1 ばねでつながれた少し複雑な粒子系
- 5.2 ばねでつながれたさらに大きな粒子系
- 5.3 力場
- 5.4 分子力学
- 5.5 溶媒のモデリング
- 5.6 計算の時間と経費を節約するための戦略
- 5.7 近代の力場
- 5.8 市販力場
- 第6章 分子ポテンシャルエネルギー面
- 6.1 複数極小問題
- 6.2 鞍点
- 6.3 キャラクタリゼーション
- 6.4 極小点の検出
- 6.5 多変量格子探索法
- 6.6 微分法
- 6.7 一次微分法
- 6.8 二次微分法
- 6.9 方法の選択
- 6.10 Z行列
- 6.11 Z行列による構造入力のこつ
- 6.12 直交座標での構造最適化
- 6.13 冗長内部座標
- 第7章 分子力学的計算
- 7.1 構造最適化
- 7.2 配座探索
- 7.3 定量的構造物性相関(QSPR)
- 第8章 統計熱力学の基礎
- 8.1 集団(アンサンブル)
- 8.2 内部エネルギー
- 8.3 ヘルムホルツ・エネルギー
- 8.4 エントロピー
- 8.5 状態方程式と圧力
- 8.6 位相空間
- 8.7 配置積分
- 8.8 クラウジウスのビリアル
- 第9章 分子動力学
- 9.1 動径分布関数
- 9.2 対相関関数
- 9.3 分子動力学の方法論
- 9.4 周期箱
- 9.5 時間依存性に対するアルゴリズム
- 9.6 溶融塩
- 9.7 液体水
- 9.8 各種の分子動力学
- 9.9 配座研究での利用
- 第10章 モンテカルロ法
- 10.1 はじめに
- 10.2 剛体分子のモンテカルロ・シミュレーション
- 10.3 柔軟な分子
- 第11章 量子モデリングへの序論
- 11.1 シュレーディンガー方程式
- 11.2 時間に依存しないシュレーディンガー方程式
- 11.3 井戸型ポテンシャル中の粒子
- 11.4 対応原理
- 11.5 二次元の無限井戸型ポテンシャル
- 11.6 三次元の無限井戸型ポテンシャル
- 11.7 相互作用しない粒子対
- 11.8 有限井戸型ポテンシャル
- 11.9 非束縛状態
- 11.10 自由粒子
- 11.11 振動運動
- 第12章 量子気体
- 12.1 エネルギーの分配
- 12.2 レイリー計数法
- 12.3 原子運動エネルギーのマクスウェル−ボルツマン分布
- 12.4 黒体放射
- 12.5 金属のモデリング
- 12.6 ボルツマン因子
- 12.7 不可弁別性
- 12.8 スピン
- 12.9 フェルミオンとボソン
- 12.10 パウリの排他律
- 12.11 ボルツマンの数え方
- 第13章 一電子原子
- 13.1 原子スペクトル
- 13.2 対応原理
- 13.3 無限核近似
- 13.4 ハートリーの原子単位
- 13.5 シュレーディンガーによる水素原子の取扱い
- 13.6 動径解
- 13.7 原子軌道
- 13.8 シュテルン−ゲルラッハの実験
- 13.9 電子スピン
- 13.10 全角運動量
- 13.11 ディラックの電子論
- 13.12 量子世界での測定
- 第14章 軌道モデル
- 14.1 一および二電子演算子
- 14.2 多体問題
- 14.3 軌道モデル
- 14.4 摂動論
- 14.5 変分法
- 14.6 線形変分法
- 14.7 スレーター行列式
- 14.8 スレーター−コンドン−ショートレー則
- 14.9 ハートリー・モデル
- 14.10 ハートリー−フォック・モデル
- 14.11 原子遮蔽定数
- 14.12 クープマンズの定理
- 第15章 簡単な分子
- 15.1 水素分子イオンH2+
- 15.2 LCAOモデル
- 15.3 楕円軌道
- 15.4 ハイトラー−ロンドンによる水素分子の取扱い
- 15.5 分子軌道法による水素分子の取扱い
- 15.6 ジェームス−クーリッジによる取扱い
- 15.7 ポピュレーション解析
- 第16章 HF−LCAOモデル
- 16.1 ローターンの画期的論文
- 16.2 ĴおよびK演算子
- 16.3 HF−LCAO方程式
- 16.4 電子エネルギー
- 16.5 クープマンズの定理
- 16.6 開殻系
- 16.7 非制限ハートリー−フォック・モデル
- 16.8 基底関数系
- 16.9 ガウス型軌道
- 第17章 HF−LCAO計算の実例
- 17.1 出力結果
- 17.2 視覚化
- 17.3 性質
- 17.4 構造最適化
- 17.5 振動解析
- 17.6 熱力学的性質
- 17.7 L−フェニルアラニンへ戻って
- 17.8 励起状態
- 17.9 ブリュアン定理の意義
- 17.10 電場勾配
- 第18章 半経験的方法
- 18.1 ヒュッケルのπ電子理論
- 18.2 拡張ヒュッケル理論
- 18.3 パリサー−パール−ポープル法(PPP法)
- 18.4 ZDO近似
- 18.5 基底関数の直交化
- 18.6 全価電子ZDOモデル
- 18.7 CNDOファミリー
- 18.8 CNDO/2法
- 18.9 CNDO/S法
- 18.10 INDO法
- 18.11 NDDO法
- 18.12 MINDOファミリー
- 18.13 MNDO法
- 18.14 AM1法
- 18.15 PM3法
- 18.16 SAM1法
- 18.17 ZINDO/1法とZINDO/S法
- 18.18 有効コアポテンシャル
- 第19章 電子相関
- 19.1 電子密度関数
- 19.2 配置間相互作用
- 19.3 結合クラスター法(CC法)
- 19.4 メラー−プレセット摂動論
- 19.5 多配置SCF法(MCSCF法)
- 第20章 密度汎関数理論とコーン−シャムLCAO方程式
- 20.1 トーマス−フェルミ模型とXα法
- 20.2 ホーエンベルグ−コーンの定理
- 20.3 コーン−シャムLCAO方程式
- 20.4 数値積分(求積法)
- 20.5 実際の詳細
- 20.6 ハイブリッド汎関数
- 20.7 実例
- 20.8 応用
- 第21章 その他の話題
- 21.1 高分子のモデリング
- 21.2 末端間距離
- 21.3 高分子構造に対する初期のモデル
- 21.4 熱力学的性質の正確な計算;G1,G2およびG3理論
- 21.5 遷移状態
- 21.6 溶媒の取扱い
- 21.7 ランジュパン動力学
- 21.8 溶媒箱
- 21.9 ハイブリッド法(ONIOM法)
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