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目次

初心者のための分子モデリング

初心者のための分子モデリング

  • A.ヒンチリフ(著)/ 江崎 俊之(訳)
  • 第1章 序論
    • 1.1 化学構造の描画
    • 1.2 三次元的効果
    • 1.3 光学活性
    • 1.4 プログラム・パッケージ
    • 1.5 モデリング
    • 1.6 分子構造データベース
    • 1.7 ファイルの書式
    • 1.8 三次元的表示
    • 1.9 タンパク質
  • 第2章 電荷とその性質
    • 2.1 点電荷
    • 2.2 クーロンの法則
    • 2.3 対加成性
    • 2.4 電場
    • 2.5 仕事
    • 2.6 電荷分布
    • 2.7 相互ポテンシャルエネルギー
    • 2.8 力と相互ポテンシャルエネルギーの関係
    • 2.9 電気多重極
    • 2.10 静電ポテンシャル
    • 2.11 誘電体と誘電分極
    • 2.12 分極率
    • 2.13 多体力
  • 第3章 分子間力
    • 3.1 二体ポテンシャル
    • 3.2 多極展開
    • 3.3 電荷−双極子相互作用
    • 3.4 双極子−双極子相互作用
    • 3.5 温度の考慮
    • 3.6 誘起エネルギー
    • 3.7 分散エネルギー
    • 3.8 反発寄与
    • 3.9 結合則
    • 3.10 実験との比較
    • 3.11 改良された二体ポテンシャル
    • 3.12 サイト間ポテンシャル
  • 第4章 ばねでつながれた球
    • 4.1 振動運動
    • 4.2 力の法則
    • 4.3 簡単な二原子分子
    • 4.4 三つの問題
    • 4.5 モース・ポテンシャル
    • 4.6 さらに精巧なポテンシャル
  • 第5章 分子力学
    • 5.1 ばねでつながれた少し複雑な粒子系
    • 5.2 ばねでつながれたさらに大きな粒子系
    • 5.3 力場
    • 5.4 分子力学
    • 5.5 溶媒のモデリング
    • 5.6 計算の時間と経費を節約するための戦略
    • 5.7 近代の力場
    • 5.8 市販力場
  • 第6章 分子ポテンシャルエネルギー面
    • 6.1 複数極小問題
    • 6.2 鞍点
    • 6.3 キャラクタリゼーション
    • 6.4 極小点の検出
    • 6.5 多変量格子探索法
    • 6.6 微分法
    • 6.7 一次微分法
    • 6.8 二次微分法
    • 6.9 方法の選択
    • 6.10 Z行列
    • 6.11 Z行列による構造入力のこつ
    • 6.12 直交座標での構造最適化
    • 6.13 冗長内部座標
  • 第7章 分子力学的計算
    • 7.1 構造最適化
    • 7.2 配座探索
    • 7.3 定量的構造物性相関(QSPR)
  • 第8章 統計熱力学の基礎
    • 8.1 集団(アンサンブル)
    • 8.2 内部エネルギー
    • 8.3 ヘルムホルツ・エネルギー
    • 8.4 エントロピー
    • 8.5 状態方程式と圧力
    • 8.6 位相空間
    • 8.7 配置積分
    • 8.8 クラウジウスのビリアル
  • 第9章 分子動力学
    • 9.1 動径分布関数
    • 9.2 対相関関数
    • 9.3 分子動力学の方法論
    • 9.4 周期箱
    • 9.5 時間依存性に対するアルゴリズム
    • 9.6 溶融塩
    • 9.7 液体水
    • 9.8 各種の分子動力学
    • 9.9 配座研究での利用
  • 第10章 モンテカルロ法
    • 10.1 はじめに
    • 10.2 剛体分子のモンテカルロ・シミュレーション
    • 10.3 柔軟な分子
  • 第11章 量子モデリングへの序論
    • 11.1 シュレーディンガー方程式
    • 11.2 時間に依存しないシュレーディンガー方程式
    • 11.3 井戸型ポテンシャル中の粒子
    • 11.4 対応原理
    • 11.5 二次元の無限井戸型ポテンシャル
    • 11.6 三次元の無限井戸型ポテンシャル
    • 11.7 相互作用しない粒子対
    • 11.8 有限井戸型ポテンシャル
    • 11.9 非束縛状態
    • 11.10 自由粒子
    • 11.11 振動運動
  • 第12章 量子気体
    • 12.1 エネルギーの分配
    • 12.2 レイリー計数法
    • 12.3 原子運動エネルギーのマクスウェル−ボルツマン分布
    • 12.4 黒体放射
    • 12.5 金属のモデリング
    • 12.6 ボルツマン因子
    • 12.7 不可弁別性
    • 12.8 スピン
    • 12.9 フェルミオンとボソン
    • 12.10 パウリの排他律
    • 12.11 ボルツマンの数え方
  • 第13章 一電子原子
    • 13.1 原子スペクトル
    • 13.2 対応原理
    • 13.3 無限核近似
    • 13.4 ハートリーの原子単位
    • 13.5 シュレーディンガーによる水素原子の取扱い
    • 13.6 動径解
    • 13.7 原子軌道
    • 13.8 シュテルン−ゲルラッハの実験
    • 13.9 電子スピン
    • 13.10 全角運動量
    • 13.11 ディラックの電子論
    • 13.12 量子世界での測定
  • 第14章 軌道モデル
    • 14.1 一および二電子演算子
    • 14.2 多体問題
    • 14.3 軌道モデル
    • 14.4 摂動論
    • 14.5 変分法
    • 14.6 線形変分法
    • 14.7 スレーター行列式
    • 14.8 スレーター−コンドン−ショートレー則
    • 14.9 ハートリー・モデル
    • 14.10 ハートリー−フォック・モデル
    • 14.11 原子遮蔽定数
    • 14.12 クープマンズの定理
  • 第15章 簡単な分子
    • 15.1 水素分子イオンH2+
    • 15.2 LCAOモデル
    • 15.3 楕円軌道
    • 15.4 ハイトラー−ロンドンによる水素分子の取扱い
    • 15.5 分子軌道法による水素分子の取扱い
    • 15.6 ジェームス−クーリッジによる取扱い
    • 15.7 ポピュレーション解析
  • 第16章 HF−LCAOモデル
    • 16.1 ローターンの画期的論文
    • 16.2 ĴおよびK演算子
    • 16.3 HF−LCAO方程式
    • 16.4 電子エネルギー
    • 16.5 クープマンズの定理
    • 16.6 開殻系
    • 16.7 非制限ハートリー−フォック・モデル
    • 16.8 基底関数系
    • 16.9 ガウス型軌道
  • 第17章 HF−LCAO計算の実例
    • 17.1 出力結果
    • 17.2 視覚化
    • 17.3 性質
    • 17.4 構造最適化
    • 17.5 振動解析
    • 17.6 熱力学的性質
    • 17.7 L−フェニルアラニンへ戻って
    • 17.8 励起状態
    • 17.9 ブリュアン定理の意義
    • 17.10 電場勾配
  • 第18章 半経験的方法
    • 18.1 ヒュッケルのπ電子理論
    • 18.2 拡張ヒュッケル理論
    • 18.3 パリサー−パール−ポープル法(PPP法)
    • 18.4 ZDO近似
    • 18.5 基底関数の直交化
    • 18.6 全価電子ZDOモデル
    • 18.7 CNDOファミリー
    • 18.8 CNDO/2法
    • 18.9 CNDO/S法
    • 18.10 INDO法
    • 18.11 NDDO法
    • 18.12 MINDOファミリー
    • 18.13 MNDO法
    • 18.14 AM1法
    • 18.15 PM3法
    • 18.16 SAM1法
    • 18.17 ZINDO/1法とZINDO/S法
    • 18.18 有効コアポテンシャル
  • 第19章 電子相関
    • 19.1 電子密度関数
    • 19.2 配置間相互作用
    • 19.3 結合クラスター法(CC法)
    • 19.4 メラー−プレセット摂動論
    • 19.5 多配置SCF法(MCSCF法)
  • 第20章 密度汎関数理論とコーン−シャムLCAO方程式
    • 20.1 トーマス−フェルミ模型とXα法
    • 20.2 ホーエンベルグ−コーンの定理
    • 20.3 コーン−シャムLCAO方程式
    • 20.4 数値積分(求積法)
    • 20.5 実際の詳細
    • 20.6 ハイブリッド汎関数
    • 20.7 実例
    • 20.8 応用
  • 第21章 その他の話題
    • 21.1 高分子のモデリング
    • 21.2 末端間距離
    • 21.3 高分子構造に対する初期のモデル
    • 21.4 熱力学的性質の正確な計算;G1,G2およびG3理論
    • 21.5 遷移状態
    • 21.6 溶媒の取扱い
    • 21.7 ランジュパン動力学
    • 21.8 溶媒箱
    • 21.9 ハイブリッド法(ONIOM法)

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