目次
クラーク分子生物学
- クラーク(著)/ 田沼 靖一(監訳)/ 秋本 和憲(ほか訳)
- 1章 遺伝学の基礎
- 古典遺伝学の父グレゴール・メンデル
- 遺伝子は生化学的経路のそれぞれの段階を決めている
- 突然変異は遺伝子の変化によって起こる
- 表現型と遺伝子型
- 遺伝子は細くて長い染色体上に存在する
- 生物は種ごとに異なる数の染色体をもっている
- 優性と劣性の対立遺伝子
- 部分優性,共優性,遺伝的浸透度,変更遺伝子
- 両親に由来する遺伝子は有性生殖で混合される
- 性決定と伴性形質
- 隣接した遺伝子は連鎖して遺伝する
- 減数分裂で起こる組換えによって遺伝的多様性が増す
- 大腸菌は細菌遺伝学のモデルである
- 2章 細胞と生物
- 生命とは何か?
- 生物は細胞からなる
- 細胞に必須な性質
- 原核細胞は核をもたない
- 真正細菌と古細菌とは遺伝的に異なる
- 細菌は細胞機能の基礎研究に用いられてきた
- 大腸菌はモデル細菌である
- 細菌は自然界においてどこに生息しているか?
- 細菌の中には感染症を引き起こすものもいるが,ほとんどは有用である
- 真核生物は細胞小器官を細分している
- 真核生物の多様性
- 真核生物は二つの基本的な細胞系統を有する
- 生物の分類
- 広く研究されている生物はモデル生物として貢献する
- 酵母:広く研究されている単細胞真核生物
- 線虫とショウジョウバエ:多細胞生物モデル
- ゼブラフィッシュ:脊椎動物の発生研究におけるモデル生物
- マウスとヒト
- シロイヌナズナ:モデル植物
- 一倍体,二倍体,そして真核生物の細胞周期
- ウイルスは生きた細胞ではない
- バクテリアウイルスは細菌に感染する
- ヒトに共通するウイルス疾患
- 準細胞性遺伝的要素の多様性
- 3章 DNA,RNA,タンパク質
- 核酸分子が遺伝情報を運ぶ
- 核酸の化学構造
- DNAおよびRNAはそれぞれ四つの塩基をもつ
- ヌクレオシドは塩基に糖が付加したものであり,ヌクレオチドはヌクレオシドにリン酸基が付加したものである
- 二本鎖DNAは二重らせんを形成する
- 塩基対は水素緒合によって形成される
- 相補鎖が遺伝の秘密を明かす
- 染色体の組成
- セントラルドグマ−遺伝情報の流れ
- リボソームが遺伝暗号を解読する
- 遺伝暗号がタンパク質のアミノ酸配列を決定する
- 各種のRNAがそれぞれ異なる機能をもつ
- タンパク質はアミノ酸からなり,多くの細胞機能に働く
- タンパク質の構造には一次構造から四次構造まである
- タンパク質のさまざまな生物学的役割
- 4章 遺伝子,ゲノム,DNA
- 遺伝物質としてのDNAの歴史
- どのくらいの遺伝情報が生命を維持するために必要なのだろうか?
- 非コードDNA
- コードDNAが非コードDNAの中に存在することがある
- 反復配列は高等生物DNAの特徴である
- サテライトDNAは縦列反復配列をした非コードDNAである
- ミニサテライト配列とVNTR
- 利己的DNAとジャンクDNAの起源
- パリンドローム,逆方向反復配列,ステムループ構造
- 多数のA塩基のかたまりはDNAが屈曲する原因となる
- 超らせん形成が細菌DNAの包含に必要である
- トポイソメラーゼとDNAジャイラーゼ
- DNAの連環と結び目は校正されなければならない
- 局部的な超らせん
- 超らせんはDNA構造に影響を与える
- 別種のDNAらせん構造が生じる
- 真核生物ではヒストンがDNAを小さくまとめる
- 真核生物ではDNAはさらに小さく凝縮する
- DNAは融解により解離し,冷却によりアニーリングする
- 5章 細胞分裂とDNA複製
- 細胞分裂と生殖は必ずしも同一ではない
- DNA複製は複製フォークで起こる2段階過程である
- 超らせん化によって複製に問題が生じる
- DNA鎖の解離がDNA合成に先立つ
- DNAポリメラーゼの性質
- ヌクレオチドの連結反応
- DNA合成のために必要な前駆体の供給
- DNAポリメラーゼがDNA鎖を伸長する
- 完全な複製フォークは複雑である
- DNAの不連続合成はプライモソームを必要とする
- ラギング鎖の完成
- 染色体複製はoriCから開始する
- DNAのメチル化と細胞膜への接着が複製開始を制御する
- 染色体複製はterCで終結する
- 娘染色体をほどく
- 細菌での細胞分裂は染色体の複製後に起こる
- 細菌では複製するのにどのくらい時間がかかるか?
- レプリコンの概念
- 真核生物では線状DNAを複製する
- 真核生物の染色体は複数の複製起点がある
- 真核生物のDNA合成
- 高等生物での細胞分裂
- 6章 遺伝子の転写
- 遺伝子はRNAをつくることによって発現する
- 染色体の短い断片がメッセージに変換される
- 言葉:シストロン,コード配列,オープンリーディングフレーム
- 遺伝子のはじめはどのように認識されるか
- メツセージの作成
- RNAポリメラーゼはどこで止まるべきかを知っている
- 細胞はどのようにしてどの遺伝子が発現されるべきかを知るのか?
- 何が転写(活性化)因子を活性化するか?
- リプレッサーによって負の制御が実行される
- 種々の低分子化合物が結合して構造を変化する制御タンパク質
- 真核細胞の転写はもっと複雑である
- 真核細胞でのリボソームRNAとトランスファーRNAの転写
- タンパク質をコードする遺伝子の真核細胞における転写
- 上流配列はRNAポリメラーゼⅡの結合を強める
- エンハンサーは遠くから転写を制御する
- 7章 タンパク質の構造と機能
- タンパク質はアミノ酸からつくられる
- ポリペプチド鎖の構成
- 20種類のアミノ酸が生物のポリペブチドを構成する
- アミノ酸はアルファ炭素で不斉を示す
- タンパク質の構造は,一次,二次,三次,四次構造を反映する
- タンパク質の二次構造は水素結合に依存する
- タンパク質の三次構造
- いろいろな力がタンパク質の3D構造を維持する
- システインはジスルフィド結合をつくる
- 大きなタンパク質にある多様な折りたたみ領域
- タンパク質の四次構造
- 高度な組織化と自己凝集
- コファクターと金属イオンはタンパク質と連携する
- 核タンパク質,リポタンパク質,糖タンパク質は複合タンパク質である
- タンパク質は非常に多くの細胞の機能に貢献する
- タンパク質装置
- 酵素は代謝反応を触媒する
- 酵素は多様な特異性をもつ
- 鍵と鍵穴モデルと誘導適合モデルは基質の結合を説明する
- 酵素は基質に応じて命名され分類される
- 酵素は活性化エネルギーを下げるように働く
- 酵素反応の速度
- 基質類似体と酵素阻害剤は活性部位に作用する
- 酵素は直接的に制御される
- アロステリック酵素はシグナル分子の影響を受ける
- 酵素は化学修飾で制御される
- タンパク質のDNAへの結合は数種類の異なる経路で起きる
- タンパク質の変性
- 8章 タンパク質合成
- タンパク質は設計図どおりにつくられる
- タンパク質は遺伝子の産物である
- 遺伝暗号の解読
- tRNAは平たいクローバー葉の二次構造をつくり,“L”字形の立体構造を形成する
- tRNAには修飾塩基が存在する
- いくつかのtRNAは複数のコドンを解読する
- tRNAはアミノ酸を受容する
- リボソーム:細胞の暗号解読マシーン
- 三つの可能な読み枠が存在する
- 開始コドンの選択
- 開始複合体の形成
- ポリペプチド鎖の伸長過程においてtRNAはリボソーム上の三つの部位と結合する
- タンパク質合成の終結反応には解離因子が必要である
- 複数のリボソームが同時に同じmRNAを翻訳する
- 細菌のmRNAは複数のタンパク質をコードしている
- 細菌では転写と翻訳が連動している
- mRNA上で停止したリボソームは救済される
- 真核生物と原核生物のタンパク質合成の違い
- 真核生物の翻訳開始過程
- 材料が不足するとタンパク質合成は中断する
- シグナル配列はタンパク質を細胞外に輪送するための目印である
- 分子シャペロンはタンパク質のフォールディングを監視する
- タンパク質合成はミトコンドリアや葉緑体でも行われている
- 細胞質で合成されたタンパク質は輸送酵素によってミトコンドリアや葉緑体へと運ばれる
- 誤翻訳は異常タンパク質を合成する
- 遺伝暗号は“普遍”ではない
- 翻訳後修飾によってタンパク質内に非標準的アミノ酸がつくられる
- セレノシステイン:21番目のアミノ酸
- ピロリジン:22番目のアミノ酸
- 抗生物質の多くはタンパク質合成を阻害することを作用機序とする
- タンパク質の分解
- 9章 原核生物における転写制御
- 遺伝子発現制御によって生理的応答が確実に行われる
- 転写レベルでの制御は複数の段階を含む
- 原核生物におけるオルターナティブσ因子は異なる遺伝子群を認識する
- 原核生物における熱ショックσ因子は温度によって制御される
- オルターナティブσ因子のカスケード反応は,枯草菌の胞子形成にみることができる
- 抗σ因子によってσ因子が不活性化され,抗−抗σ因子によって再びσ因子が機能するようになる
- アクチベーターとリプレッサーは正および負の制御に関与する
- 遺伝子発現制御におけるオペロン説
- タンパク質の中にはリプレッサーとしてもアクチベーターとしても働くものがある
- シグナル分子の特性とは?
- アクチベーターやリプレッサーは共有結合によって化学的に修飾される
- 2成分制御系
- ホスホリレー(リン酸基リレー)機構
- 特異的制御と包括的制御
- Crpタンパク質は包括的制御にかかわるタンパク質の一例である
- 付属(補助)因子とヌクレオイド結合タンパク質
- 遠隔作用とDNAのループ構造
- 制御機構としての抗終結反応
- 10章 真核生物における転写制御
- 真核生物における転写制御は原核生物に比べより複雑である
- タンパク質をコードする遺伝子に働く転写調節因子は特異的に制御する
- メディエーター複合体はRNAポリメラーゼに情報を伝達する
- エンハンサーとインシュレーター配列はDNAを機能的に分け隔てている
- マトリックス接触領域によってDNAのループ化が可能になる
- 真核生物では転写が負に制御されることがある
- ヘテロクロマチンは真核生物においてDNAへの接近を難しくさせている
- 真核生物においてDNAのメチル化が遺伝子発現を制御する
- 遺伝子のサイレンシングはDNAのメチル化によって引き起こされる
- 真核生物における遺伝的インプリンティングはDNAのメチル化パターンが基本となる
- XX動物の雌ではX染色体の不活性化が起こる
- 11章 RNAレベルの制御
- RNAレベルでの制御機構
- タンパク質の結合がmRNA分解効率を調節する
- mRNAの中には翻訳前に分断されるものがある
- 制御タンパク質の中には翻訳を抑制するものがある
- 制御タンパク質の中には翻訳を活性化するものがある
- アンチセンスRNAは翻訳を制御する
- リボソームへの変化による翻訳制御
- RNA干渉
- RNA干渉の増幅と拡散
- siRNAの実験への応用
- 植物におけるPTGSと真菌のクエリング
- マイクロRNA−小分子制御RNA
- 未熟な転写終結がRNAの転写減衰を引き起こす
- リボスイッチ−RNAそのものによる調節機構
- 12章 RNAのプロセシング
- RNAは複数の経路で加工される
- コードRNAと非コードRNA
- rRNAとtRNAの加工
- 真核生物のmRNAはキャップとテールをもつ
- キャップ構造の付加はmRNAの成熟過程における第一段階である
- ポリ(A)テールは真核生物のmRNAに付加される
- イントロンはスプライシングによってRNAから除かれる
- 異なるクラスのイントロンは異なるスプライシング機構を示す
- 選択的スプライシングは複数種のRNAを産生する
- インテインとタンパク質スプライシング
- rRNAの塩基修飾はガイドRNAを必要とする
- RNA編集は塩基配列の変化に関与する
- RNAの核外輸送
- mRNAの分解
- mRNAのナンセンス変異依存的分解系
- 13章 突然変異
- 突然変異はDNA塩基配列の変化である
- おもな突然変異の型
- 塩基置換突然変異
- ミスセンス突然変異のさまざまな影響
- ナンセンス突然変異によって不完全長のポリペプチドが生成する
- 欠失突然変異は短いタンパク質の生成やタンパク質の完全欠失を引き起こす
- 挿入突然変異は一般に遺伝子の機能を妨害する
- フレームシフト突然変異は異常タンパク質を生成することがある
- DNA再配列には逆位,転座,重複がある
- 相変異は可逆的なDNA変化である
- サイレント突然変異によって表現型は変化しない
- 化学変異原はDNAに損傷を与える
- 放射線は突然変異を起こす
- 自然突然変異はDNAポリメラーゼの誤りによって起こる
- 自然突然変異は誤対合と組換えによって起こる
- 自然突然変異は塩基の互変異性によって起こる
- 白然突然変異は塩基固有の化学的不安定性によっても生成する
- ホットスポット部位では他の部位より高頻度に突然変異が起こる
- 突然変異はどの程度の頻度で起こるのか?
- 復帰突然変異は表現型を野生型に戻す遺伝的変化である
- 復帰突然変異は他の遺伝子に生じた代償的な変化によっても起こる
- tRNAの突然変異によるナンセンス突然変異の抑圧
- 変異原性化学物質は復帰突然変異を利用して検出できる
- 突然変異体を分離する実験方法
- in vivo突然変異生成とin vitro突然変異生成
- 部位特異的突然変異生成
- 14章 組換えと修復
- 組換えのあらまし
- 相同的組換えの分子基盤
- 鎖の侵入とカイ部位
- 部位特異的組換え
- 高等生物における組換え
- DNA修復のあらまし
- ミスマッチ修復系
- 一般的な除去修復系
- 特定塩基除去によるDNA修復
- 特殊なDNA修復機構
- 光回復はチミン二量体を切り離す
- 転写と共役した修復
- 組換え修復
- 細菌のSOS応答性の誤りがち修復
- 真核生物における修復
- 真核生物における二重鎖切断修復
- 遺伝子変換
- 15章 可動性DNA
- 遺伝子生物としての細胞内の遺伝因子
- 大部分の可動性DNAは転移因子から構成される
- トランスポゾンの主要部分
- 挿入配列−もっとも単純なトランスポゾン
- 保存型転移による移動
- 複雑型トランスポゾンは複製型転移により移動する
- 複製型転移と保存型転移は類似している
- 複合型トランスポゾン
- 転移は宿主DNAを再編成する可能性がある
- 高等生物におけるトランスポゾン
- レトロ型因子によるRNAコピーの複写
- 哺乳動物における反復DNA
- 宿主由来DNAのレトロ型挿入
- レトロンは細菌性逆転写酵素をコードする
- 多種多様な転移因子
- バクテリオファージMuはトランスポゾンである
- 接合型トランスポゾン
- インテグロンはトランスポゾンに遺伝子を集積する
- ジャンクDNAと利己的DNA
- ホーミングイントロン
- 16章 プラスミド
- プラスミドはレプリコンである
- プラスミドの一般的性質
- プラスミドファミリーと不和合性
- プラスミドは線状あるいはRNAのこともある
- プラスミドDNAは二つの方法のどちらかで複製する
- アンチセンスRNAによるコピー数の調節
- プラスミド耽溺と宿主致死機能
- プラスミドの多くが宿主細胞を助けている
- 抗生物質耐性プラスミド
- 抗生物質耐性のメカニズム
- β−ラクタム抗生物質耐性
- クロラムフェニコール耐性
- アミノグリコシド耐性
- テトラサイクリン耐性
- スルホンアミド耐性とトリメトプリム耐性
- プラスミドは攻撃的性質をもたらすこともある
- コリシンはたいてい二つの異なった機構の一つで殺す
- 細菌は自分のコリシンに免疫がある
- コリシン産生とコリシン放出
- 病原性プラスミド
- Tiプラスミドは細菌から植物へ伝達される
- 酵母の2−ミクロンプラスミド
- DNA分子にはウイルスまたはプラスミドとして振舞うものがある
- 17章 ウイルス
- ウイルスは遺伝情報をもった感染性粒子である
- ウイルスの生活環
- 細菌に感染するウイルス:バクテリオファージ
- 挿入による溶原化(潜伏化)
- ウイルスの多様性
- 細菌の一本鎖小DNAウイルス
- 細菌の二本鎖DNAウイルス
- 高等生物のDNAウイルス
- RNAウイルスはわずかな遺伝子しかもっていない
- 細菌のRNAウイルス
- 動物の二本鎖RNAウイルス
- プラス鎖RNAウイルスはポリタンパク質をつくる
- マイナス鎖RNAウイルスの生き残り策
- 植物RNAウイルス
- レトロウイルスはRNAとDNAの両方を利用する
- レトロウイルスの遺伝子
- 準ウイルス性感染因子
- 衛星ウイルス
- ウイロイドは裸の感染性RNAである
- プリオンは感染性タンパク質である
- 18章 細菌の遺伝学
- 生殖と遺伝子の伝達
- 外来DNAの取込み後の運命
- 形質転換は裸のDNAによる遺伝子伝達である
- 形質転換はDNAが遺伝物質であることの証拠である
- 自然界における形質転換
- 形質導入−ウイルスによる遺伝子伝達
- 普遍形質導入
- 特殊形質導入
- 細菌間のプラスミドの伝達
- 染色体上の遺伝子の伝達にはプラスミドの挿入が必要である
- グラム陽性菌間の遺伝子伝達
- 古細菌の遺伝学
- 全ゲノム配列の決定
- 19章 下等真核生物の多様性
- 真核生物の起源は共生である
- ミトコンドリアと葉緑体のゲノム
- 一次共生と二次共生
- マラリア原虫は本当に植物か?
- 共生:寄生vs.相利共生
- キラーゾウリムシの細胞内共生細菌
- ブフネラは細胞小器官か,それとも共生細菌か?
- 繊毛虫は2種類の核をもつ
- トリパノソーマ類は免疫系の裏をかくために表在タンパク質を変える
- 酵母における交配型の決定
- 多細胞生物とホメオボックス遺伝子群
- 20章 分子進化
- 始まり−地球の創成
- 初期の大気
- 生命の起源に関するオパーリンの理論
- ミラーの実験
- 巨大分子を得るための単量体の重合
- 無作為プロテノイドの酵素活性
- 情報巨大分子の起源
- リボザイムとRNAワールド
- 最初の細胞
- 代謝の起源についての独立栄養性の理論
- DNA,RNAとタンパク質配列の進化
- 重複による新しい遺伝子の創生
- パラローグとオーソログの配列
- 部分的再構築による新規遺伝子の獲得
- 異なったタンパク質は非常に異なった割合で進化する
- 進化を刻む分子時計
- リボソームRNA−ゆっくりと時を刻む時計
- 古細菌vs.真正細菌
- DNA配列決定と生物学的分類
- ミトコンドリアDNA−早く進む分子時計
- アフリカのイブ仮説
- 絶滅した動物から得た古代DNA
- 進化の脇道−水平遺伝子伝播
- 水平遺伝子伝播予測にかかわる諸問題
- 21章 核酸:単離・精製・検出・ハイブリダイゼーション
- DNAの単離
- DNAの精製
- 目的としないRNAの除去
- DNAのゲル電気泳動法
- パルスフィールドゲル電気泳動法
- 変性濃度勾配ゲル電気泳動法
- DNAの化学合成
- 完全な遺伝子の化学合成
- ペプチド核酸
- 紫外線によるDNAやRNAの濃度測定
- 放射線による核酸の標識
- 放射性標識したDNAの検出
- 蛍光によるDNAやRNAの検出
- ビオチンやジゴキシゲニンによる化学標識
- 電子顕微鏡
- DNAとRNAのハイブリダイゼーション
- サザン,ノザン,ウェスタンプロッティング
- ズープロッテイング
- 蛍光in situハイプリダイゼーション法(FISH)
- 分子ビーコン
- 22章 組換えDNA技術
- 概説
- 核酸分解酵素
- DNAの制限と修飾
- 制限酵素によるDNAの認識
- 制限酵素の命名法
- 制限酵素によるDNAの切断
- DNAリガーゼによるDNA断片の連結
- 制限酵素地図の作成
- 制限断片長多型
- クローニングベクターの特性
- 多コピープラスミドベクター
- 遺伝子のベクターへの挿入
- ベクターに挿入されたDNAの同定
- 種間で動く遺伝子:シャトルベクター
- ラムダファージベクター
- コスミドベクター
- 酵母人工染色体
- 細菌およびP1ファージ人工染色体
- DNAライブラリーは生物の遺伝子の集合体である
- ハイプリダイゼーションによるライブラリーのスクリーニング
- 免疫学的手法によるライブラリーのスクリーニング
- イントロンを除いたcDNAのクローニング
- 染色体ウォーキング法
- サブトラクトハイブリダイゼーション法によるクローニング
- 発現ベクター
- 23章 ポリメラーゼ連鎖反(PCR)
- PCRの原理
- PCRのサイクル
- 縮重プライマー
- 逆PCR
- 制限酵素部位の導入
- PCR産物のTAクローニング
- 多型DNAのランダム増幅(RAPD)
- 逆転写PCR
- ディファレンシャルディスプレイ
- cDNA末端の迅速増幅(RACE)
- 遺伝子工学におけるPCR
- 部位特異的変異導入
- 挿入欠失の導入
- 臨床診断への応用
- 環境検査への応用
- 絶滅生物種からのDNA回収
- リアルタイム蛍光PCR
- 分子ビーコンのPCRスコーピオンプライマーへの導入
- ローリングサークル増幅法(RCAT)
- 24章 ゲノミクスとDNA塩基配列
- ゲノミクス概論
- DNA塩基配列決定法−一般原理
- チェインターミネーター法によるDNA塩基配列決定法
- DNA塩基配列決定に用いられるDNAポリメラーゼ
- 塩基配列決定に用いる鋳型DNAの調製
- プライマーウォーキング法
- 全自動化塩基配列決定法
- DNAチップ技術の出現
- オリゴヌクレオチドアレイ
- ピロシークエンス法
- ナノポアによるDNA塩基配列決定法
- 配列タグによるゲノムマッピング
- 配列タグ部位の位置づけ
- ショットガンシークエンスによるゲノム配列決定
- ヒトゲノム解読競争
- 巨大なクローン化コンティグを用いたゲノム配列決定
- 直接ショットガンシークエンス法によるゲノム配列決定
- ヒトゲノム概観
- 配列多型:一塩基多型と単純配列長多型
- エクソントラップ法による遺伝子同定
- バイオインフォマティクスとコンピュータ解析
- 25章 遺伝子発現の解析
- 概説
- 遺伝子発現を解析するということ
- レポーター遺伝子を用いた遺伝子発現解析
- 活性測定が容易な酵素のレポーター遺伝子
- ルシフェラーゼの発光によるレポーター遺伝子解析系
- レポーターとしての緑色蛍光タンパク質
- 融合遺伝子
- 遺伝子の上流領域の欠失変異による解析
- 遺伝子の上流領域のタンパク質結合部位の決定法
- プライマー伸長法による転写開始部位の決定
- S1ヌクレアーゼによる転写開始部位の決定
- トランスクリプトーム解析
- DNAマイクロアレイによる遺伝子発現解析
- SAGE法
- 26章 プロテオミクス:タンパク質の大規模解析
- プロテオミクスとは
- タンパク質のゲル電気泳動法
- タンパク質の二次元電気泳動法
- タンパク質のウェスタンブロッティング
- タンパク質同定のための質量分析法
- タンパク質タグ化システム
- 融合タグとして用いる全長タンパク質
- 自己切断インテインタグ
- ファージディスプレイ法による選択
- タンパク質相互作用:酵母ツーハイブリッドシステム
- 共免疫沈降法によるタンパク質間相互作用解析:酵母ツーハイブリッドシステム
- プロテインマイクロアレイ
- メタボロミクス
生命科学・生物学 ランキング
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